בהתאם להוראת רשות המיסים, החל משנת המס 2009, על כל אחד מהעוסקים הרשום באיחוד עוסקים, להגיש דו"ח שנתי למע"מ, בנוסף לדו"חות התקופתיים המוגשים על ידו.
מטרת הגשת הדו"ח אינה לצורך תשלום מע"מ או קבלת החזרי מע"מ ונועדה לצרכים סטטיסטיים, מעקב ובקרה. בדוח השנתי, על העוסק לפרט בנפרד את כל העסקאות שביצע מול עוסקים חיצוניים ואת כל העסקאות שביצע מול העוסקים הכלולים באיחוד עוסקים. באותו אופן, עליו לפרט בנפרד את התשומות שרכש מחיצוניים ואת התשומות שרכש מעוסקים אחרים הכלולים באיחוד.
מועד הגשת הדו"ח הוא עד ליום 31 במרץ של השנה העוקבת. קרי, לגבי שנת 2009, יוגש הדו"ח עד ליום 31 במרץ 2010.
אי הגשת הדו"ח במועד תגרור הטלת קנס מנהלי בסך 5,000 ש"ח.
על מנת לעמוד בדרישת הדיווח כאמור, על מנהלי החשבונות להיערך בהתאם. לצורך כך, ניתן להגדיר בפקודות היומן וכרטיסי החשבון את העסקאות (מכירות וקניות) המתבצעות למול עוסק אחר הכלול באיחוד העוסקים.
