כידוע, יתרות חובה של בעלי מניות עד לתשלומם המלא צוברות ריבית לפי סעיף 3(ט) לפקודת מס הכנסה. על פי פרשנות חוק מע"מ שאושרה בבית המשפט העליון הריבית המחושבת חייבת במע"מ ונדרש בתום כל שנה להוציא חשבונית מס לבעלי המניות ולשלם את המע"מ בגין הריבית. יצוין כי מע"מ פרסם הבהרה ולפיה הריבית לפי סעיף 3(ט) כוללת כבר את מרכיב המע"מ ויש לחלץ ממנה את מרכיב המע"מ. בפרקטיקה חברות רבות לא נהגו לשלם מע"מ בגין הריבית האמורה ורק במידה והיה נערכת ביקורת מע"מ, הן היו נדרשות לשלם. לאחרונה ועל מנת להגדיל את הציות לחוק, החל מע"מ לבדוק את נתוני הדוח השנתי של חברות מיד לאחר הגשתם למס הכנסה, לזהות חיובי ריבית שנזקפו בדוח לפי סעיף 3(ט) לפקודה ולשלוח דרישות לחברות לתשלום מע"מ עסקאות לחברות אשר לא שילמו את המע"מ במהלך השנים האחרונות בגין ריבית כאמור.
מנהלי החשבונות של החברות נדרשים להגיש דוח מתקן בהנה"ח לחודש דצמבר של השנה הרלוונטית (החל משנת 2106) שבה נמצאו חיובי הריבית עליהם לא שולם מע"מ ולהגדיל את העסקאות החייבות במע"מ בגובה הריבית שלא דווחה כאמור ולשלם את המע"מ. בנוסף, מע"מ מעניק לחברה, שתשלם את המע"מ תוך 30 יום מיום שידור הדיווח המתוקן, ביטול של קנס הפיגורים בגין הפרש המע"מ ומסתפק בתשלום ריבית והצמדה בלבד בגין הדיווח שלא בוצע במועד. המע"מ המשולם מהווה למעשה הוצאה לצורך מס הכנסה.
בתגובה לפניית לשכת רואי חשבון לרשות המסים, לפיה הנושא הושת על ציבור העוסקים בה בעת עומס סוף השנה והכנת הדוחות, פרסמה האחרונה הודעה ביום 29.11 לפיה, לעוסקים וחברות אשר יסדירו את חבות המע"מ עד ליום 31.12.2021, תתאפשר גמישות כך שבמקרים אלו רשות המסים תבצע עצמאית תיקון מתאים בדוחות מס הכנסה עקב תיקון דוח המע"מ כאמור, ככל שרלוונטי בנסיבות העניין.
